Class Sub Class Set LncRNA Count Cancer_Phenotype Adrenocortical_carcinoma Adrenocortical_carcinoma_Stage_IV(15)VSAdrenocortical_carcinoma_Stage_I(9) ATAD3A;IZUMO4;KIF23;MTHFD2;SCNM1;ZNHIT1 6 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Cell_Line(28)VSBreast_cancer_ER+(42) 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4666 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Cell_Line(28)VSBreast_cancer_Normal_TNBC(21) 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2340 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_ER+(42)VSBreast_cancer_Normal_TNBC(21) 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7008 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Stage__Benign_cell_lines_(HMEC)(8)VSBreast_cancer_ER+(8) 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647 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Stage__Benign_cell_lines_(HMEC)(8)VSBreast_cancer_TNBC(8) AC004490.1;AC006262.5;AC007879.7;AC092066.1;AC114730.2;AF131215.2;CH17-360D5.2;CH17-360D5.3;CTA-384D8.36;CTB-129O4.1;CTC-518B2.12;FTX;HEIH;HOXA10-AS;LBX2-AS1;LINC01006;LINC01503;MGC45800;MIR205HG;MIR22HG;MIR31HG;PRKAG2-AS1;PVT1;RP11-1002K11.1;RP11-1024P17.1;RP11-116G8.5;RP11-159G9.5;RP11-166D19.1;RP11-221N13.3;RP11-26P13.2;RP11-282O18.3;RP11-327P2.5;RP11-345P4.9;RP11-44M6.7;RP11-497E19.1;RP11-54O7.14;RP11-568J23.8;RP11-58O9.2;RP11-61K9.3;RP11-672L10.6;RP11-736K20.5;RP11-783K16.5;RP11-806H10.4;RP11-823E8.3;RP13-463N16.6;RP3-330M21.5;RP3-395M20.12;RP4-555D20.1;RP5-1039K5.12;RP5-875H18.9;RP5-902P8.10;SAPCD1-AS1;SSSCA1-AS1;TOLLIP-AS1;TRHDE-AS1;WNT5A-AS1 56 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Stage__Benign_cell_lines_(HMEC)(8)VSBreast_cancer_HER2+(8) 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303 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_TNBC(42)VSBreast_cancer_Cell_Line(28) 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3812 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_TNBC(42)VSBreast_cancer_ER+(42) 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1354 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_TNBC(42)VSBreast_cancer_Normal_TNBC(21) 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6531 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_TNBC(6)VSBreast_cancer_Normal(3) AF127936.5;BMS1P4;CTB-113P19.5;CTB-5E10.3;CTC-444N24.7;CTD-2026K11.3;CTD-2246P4.1;CTD-2358C21.5;EPB41L4A-AS1;FAM83H-AS1;GS1-279B7.1;IGF2-AS;LINC01515;LPP-AS1;MALAT1;MIR181A1HG;MIR663AHG;RP11-102N12.3;RP11-105C19.1;RP11-123O10.1;RP11-142G1.3;RP11-158K1.3;RP11-15H20.6;RP11-180C16.1;RP11-286N22.6;RP11-290F5.1;RP11-322D14.2;RP11-398K22.12;RP11-434P11.1;RP11-44N22.3;RP11-467P9.1;RP11-475D10.4;RP11-56G10.2;RP11-661A12.4;RP11-800A3.2;RP11-96C23.5;RP13-516M14.1;RP3-393E18.2;SCARNA10;SCARNA2;SNHG5;SNORD64;SNORD91B;TERC;TPT1-AS1;ZFAS1;LRRC75A-AS1;MANEA-AS1 48 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_FFPE(9)VSBreast_cancer_Fresh-frozen(18) 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1172 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Basal(14)VSBreast_cancer_Luminal(27) AC093642.1;AC144450.1;AC144450.2;AF131216.5;AP000439.3;AP001057.1;C14orf132;C9orf106;CTA-292E10.6;CTA-292E10.9;CTC-526N19.1;DSCAM-AS1;LINC00511;LINC01119;PP14571;PRRT3-AS1;RP11-102N12.3;RP11-146I2.1;RP11-155G14.6;RP11-248B24.1;RP11-279F6.1;RP11-380L11.4;RP11-3M1.1;RP11-423H2.3;RP11-459E5.1;RP11-483P21.2;RP11-54O7.3;RP11-663N22.1;RP11-666A8.9;RP11-700H6.1;RP11-774O3.3;TMEM191C;TTC39A-AS1;LINC00925 34 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Basal(14)VSBreast_cancer_Claudin-low(6) CTD-2396E7.11;FAM83H-AS1;MCF2L-AS1;RP11-22C11.2;RP11-402D21.2;RP11-429J17.7;RP11-73M7.1;RP11-96D1.11;RP3-325F22.5;RP3-512B11.3;RP3-523K23.2;RP4-568C11.4;RP11-532F12.5;U47924.27 14 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Non-malignant(5)VSBreast_cancer_Luminal(27) AC002044.1;AC002310.14;AC004893.11;AC005013.5;AC006129.1;AC007038.7;AC007191.4;AC007285.7;AC007292.4;AC008268.1;AC009005.2;AC009120.5;AC009120.6;AC009133.15;AC010136.2;AC012487.2;AC022154.7;AC023137.2;AC025171.1;AC069277.2;AC069363.1;AC092620.2;AC092669.3;AC093585.6;AC093642.1;AC093642.3;AC099684.1;AC137934.1;AC141930.2;AC144450.1;AC144450.2;AC144831.3;ADORA2A-AS1;AF001548.5;AF131216.5;AGAP1-IT1;AL450992.2;AP000438.2;AP000439.3;AP001057.1;AP001058.3;AP001271.3;AP006621.8;BAIAP2-AS1;BCDIN3D-AS1;BRWD1-AS1;BRWD1-AS2;C14orf132;C9orf106;CATIP-AS1;CBR3-AS1;CEBPA-AS1;CH17-353B19.1;CTA-221G9.12;CTA-292E10.6;CTA-292E10.9;CTA-305I2.1;CTA-339C12.1;CTA-398F10.2;CTA-929C8.9;CTB-113D17.1;CTB-171A8.1;CTB-191K22.5;CTB-31N19.3;CTB-33O18.3;CTB-92J24.2;CTBP1-AS2;CTC-204F22.1;CTC-218B8.3;CTC-260E6.4;CTC-260E6.6;CTC-453G23.7;CTC-471F3.6;CTC-471J1.2;CTC-490E21.11;CTC-526N19.1;CTC-548K16.6;CTD-2006H14.2;CTD-2006M22.2;CTD-2012K14.8;CTD-2013N17.6;CTD-2017D11.2;CTD-2035E11.5;CTD-2132N18.4;CTD-2213F21.2;CTD-2233K9.1;CTD-2245F17.3;CTD-2267D19.1;CTD-2270L9.3;CTD-2325P2.4;CTD-2349P21.10;CTD-2349P21.5;CTD-2349P21.6;CTD-2368P22.1;CTD-2373N4.3;CTD-2540B15.7;CTD-2542L18.1;CTD-2561J22.5;CTD-2562J17.6;CTD-2587H24.10;CTD-2589M5.4;CTD-2619J13.9;CTD-2621I17.3;CTD-2651B20.6;CTD-3001H11.1;CTD-3018O17.3;CTD-3060P21.1;CTD-3064H18.1;CTD-3126B10.2;CTD-3193O13.11;CTD-3222D19.4;CTD-3222D19.9;DACT3-AS1;DNAJC27-AS1;DSCAM-AS1;ERI3-IT1;ERVH48-1;FAM157A;FAM157C;FLJ21408;FLJ42627;GS1-306C12.1;HOXC-AS2;HOXC-AS3;ID2-AS1;IDH1-AS1;KANTR;KB-1440D3.13;KB-1507C5.2;KRTAP5-AS1;KU-MEL-3;LA16c-312E8.2;LA16c-312E8.4;LA16c-325D7.1;LA16c-360H6.3;LIFR-AS1;LINC00243;LINC00365;LINC00482;LINC00637;LINC00649;LINC00846;LINC00854;LINC00893;LINC00937;LINC00963;LINC00992;LINC01006;LINC01132;LINC01237;LINC01351;LINC01480;LINC01508;LLNLF-173C4.1;LMCD1-AS1;MCF2L-AS1;MIR3615;MIR940;MNX1-AS1;MNX1-AS2;NDUFA6-AS1;PCBP1-AS1;PP14571;PSMD5-AS1;PSMG3-AS1;RHPN1-AS1;RP1-278C19.8;RP1-5O6.5;RP1-5O6.6;RP1-63M2.7;RP11-103B5.4;RP11-1060G2.1;RP11-10C8.2;RP11-118F19.1;RP11-119D9.1;RP11-120K24.3;RP11-120K24.4;RP11-120K24.5;RP11-120M18.2;RP11-121A14.3;RP11-123B3.2;RP11-127I20.5;RP11-133N21.10;RP11-135N5.3;RP11-138E2.1;RP11-146F11.5;RP11-146I2.1;RP11-147L13.2;RP11-151A6.4;RP11-15H20.6;RP11-168K11.2;RP11-175P13.2;RP11-177J6.1;RP11-181B11.1;RP11-191L9.4;RP11-203J24.8;RP11-206M11.7;RP11-20B24.4;RP11-20I23.10;RP11-20I23.8;RP11-214K3.24;RP11-216B9.6;RP11-219B4.3;RP11-21B21.4;RP11-21L23.2;RP11-21M24.2;RP11-223I10.1;RP11-229D13.3;RP11-231E19.1;RP11-236L14.1;RP11-244F12.3;RP11-247A12.7;RP11-248B24.1;RP11-269G24.3;RP11-273G15.2;RP11-278C7.3;RP11-279F6.1;RP11-286N22.16;RP11-286O1.1;RP11-28H5.2;RP11-290F5.2;RP11-293M10.6;RP11-295P9.12;RP11-297D21.4;RP11-304F15.4;RP11-304F15.6;RP11-315O6.1;RP11-330H6.6;RP11-334C17.5;RP11-346D14.1;RP11-34P13.13;RP11-353N14.2;RP11-356O9.2;RP11-379C10.4;RP11-380L11.4;RP11-384L8.1;RP11-386I8.4;RP11-38L15.3;RP11-391H12.8;RP11-394B2.5;RP11-3M1.1;RP11-400N9.1;RP11-417L19.5;RP11-420A6.2;RP11-423H2.3;RP11-423H2.4;RP11-424M24.3;RP11-429J17.7;RP11-429J17.8;RP11-430C7.5;RP11-430G17.3;RP11-432J24.3;RP11-443B7.1;RP11-44N11.2;RP11-459E5.1;RP11-463O12.5;RP11-464D20.6;RP11-465B22.8;RP11-466F5.8;RP11-467D18.2;RP11-473M20.5;RP11-477H21.2;RP11-480I12.7;RP11-483P21.2;RP11-485G7.5;RP11-486I11.2;RP11-492E3.51;RP11-493E12.2;RP11-497G19.1;RP11-498C9.13;RP11-523G9.3;RP11-525K10.3;RP11-532N4.2;RP11-539L10.2;RP11-54G14.1;RP11-54O7.1;RP11-54O7.3;RP11-563J2.2;RP11-574K11.8;RP11-588L15.2;RP11-59H7.3;RP11-5P18.5;RP11-60A24.3;RP11-654D12.2;RP11-659E9.2;RP11-65J3.15;RP11-663N22.1;RP11-666A8.12;RP11-66B24.2;RP11-672L10.6;RP11-675F6.3;RP11-677M14.3;RP11-685M7.3;RP11-700H6.1;RP11-709D24.6;RP11-70F11.8;RP11-71L14.4;RP11-731D1.4;RP11-736K20.5;RP11-747H7.3;RP11-754B17.1;RP11-758P17.3;RP11-760H22.2;RP11-761I4.3;RP11-77H9.8;RP11-77P16.4;RP11-791G15.2;RP11-794G24.1;RP11-806H10.4;RP11-826F13.1;RP11-830F9.5;RP11-834C11.11;RP11-83A24.2;RP11-872J21.5;RP11-884K10.6;RP11-88E10.4;RP11-89H19.2;RP11-91H12.1;RP11-930P14.2;RP11-94I2.4;RP11-95P2.1;RP11-96D1.6;RP11-982M15.8;RP11-983P16.4;RP13-188A5.1;RP13-20L14.10;RP13-225O21.2;RP13-554M15.2;RP13-554M15.5;RP13-580F15.2;RP13-616I3.1;RP13-726E6.2;RP13-766D20.2;RP3-333H23.9;RP3-395M20.12;RP3-414A15.10;RP3-461P17.10;RP3-468B3.2;RP3-508I15.22;RP4-533D7.4;RP4-625H18.2;RP4-724E16.2;RP4-742C19.13;RP4-758J18.10;RP5-1132H15.1;RP5-1180D12.1;RP5-857K21.1;RP5-858B6.3;RP5-908M14.5;RPS10P7;SAP30L-AS1;SIDT1-AS1;SNAI3-AS1;SRRM2-AS1;ST8SIA6-AS1;TMEM191C;TMEM220-AS1;TNRC6C-AS1;TTC39A-AS1;U52111.14;U73166.2;VIPR1-AS1;WASIR2;WI2-85898F10.1;XIAP-AS1;XX-C2158C6.3;ZNF790-AS1;AC141928.1;C16orf3;LINC00925;LINC00969 371 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Luminal(27)VSBreast_cancer_Claudin-low(6) 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196 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Luminal(27)VSBreast_cancer_Basal(14) AC093642.1;AC144450.1;AC144450.2;AF131216.5;AP000439.3;AP001057.1;C14orf132;C9orf106;CTA-292E10.6;CTA-292E10.9;CTC-526N19.1;DSCAM-AS1;LINC00511;LINC01119;PP14571;PRRT3-AS1;RP11-102N12.3;RP11-146I2.1;RP11-155G14.6;RP11-248B24.1;RP11-279F6.1;RP11-380L11.4;RP11-3M1.1;RP11-423H2.3;RP11-459E5.1;RP11-483P21.2;RP11-54O7.3;RP11-663N22.1;RP11-666A8.9;RP11-700H6.1;RP11-774O3.3;TMEM191C;TTC39A-AS1;LINC00925 34 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Claudin-low(6)VSBreast_cancer_Basal(14) CTD-2396E7.11;FAM83H-AS1;MCF2L-AS1;RP11-22C11.2;RP11-402D21.2;RP11-429J17.7;RP11-73M7.1;RP11-96D1.11;RP3-325F22.5;RP3-512B11.3;RP3-523K23.2;RP4-568C11.4;RP11-532F12.5;U47924.27 14 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_Non-TNBC(6)VSBreast_cancer_Normal(3) 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196 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_HER2_positive(5)VSBreast_cancer_Normal(3) RP3-393E18.2 1 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_TNBC(8)VSBreast_cancer_ER+(8) CTD-2325A15.5;RNF185-AS1;RP11-159G9.5;RP11-427L15.2;RP11-513I15.6;THAP9-AS1 6 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_cancer_HER2+(8)VSBreast_cancer_ER+(8) AMMECR1-IT1;CTD-2012K14.4;RNF185-AS1;RP11-33B1.4;RP11-498C9.3 5 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_I(90)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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332 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IIIB(29)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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824 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IIIB(29)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_II(3) CRNDE;LINC00663;LOC145837;MIR205HG;SNHG1 5 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IIIB(29)VSBreast_invasive_carcinoma_Metastatic_Stage_IIB(3) AF086258;AK021876;AK091028;AK094280;AK097500;AX721193;BC016831;BC025370;BC043578;BC094703;BDNF-AS;CASC2;CRNDE;ERVK13-1;LINC00922;LOC100131067;LOC145837;LOC92249;MGC4836;NUTM2A-AS1;TBX5-AS1;TPTEP1;LINC01121;WEE2-AS1 24 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IIIA(152)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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973 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IIIC(65)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_IB(9) BC016656;LOC728175 2 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IIIC(65)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_II(3) AF279775;AK000451;AK055272;AK056584;AK057451;AK096291;AK123292;AK125078;AK126616;AX746995;AX747992;BC002534;BC015977;BC029578;BC032407;BC038746;BC041484;BC042472;BC042913;BC043257;BC043576;BC047723;BDNF-AS;BX647864;C9orf106;CRNDE;DKFZP434L187;DQ786258;FAM181A-AS1;FAM66B;FGF11;LINC00477;LINC00663;LINC00910;LIPE-AS1;LOC100128750;LOC100130264;LOC100131496;LOC100505474;LOC100505835;LOC100506274;LOC100507334;LOC145837;LOC152225;LOC152742;LOC283403;LOC284912;LOC285593;LOC339524;LOC388882;LOC643201;LOC646168;LOC654433;LINC01433;MEG3;MGC15885;mir-29b-2;NAMA;RBAKDN;RDH13;RGMB-AS1;SPATA42;ST8SIA6-AS1;TPTE2P6;TRPC5OS;UBAC2-AS1;BZRAP1-AS1;C17orf76-AS1;C21orf49;C8orf56 70 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma 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132 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IB(9)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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479 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_II(3)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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334 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IV(22)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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653 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IV(22)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_I(90) BDNF-AS;LINC00238 2 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IV(22)VSBreast_invasive_carcinoma_Metastatic_Stage_IIB(3) AF086258;BC016831;BDNF-AS;CASC2;FLJ31104;LOC145837;LOC284688;LOC728730;MGC4836;NUTM2A-AS1;TBX5-AS1 11 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_X(14)VSBreast_invasive_carcinoma_(adjacent_normal)(111) 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318 Cancer_Phenotype Carcinoma_of_bladder Bladder_urothelial_carcinoma_Stage_III(128)VSBladder_urothelial_carcinoma_(adjacent_normal)(19) A1BG;A2M-AS1;AC2;ADAMTS9-AS2;AF086258;AF279780;AF279782;AGAP2-AS1;AJ011378;AK002090;AK021563;AK021876;AK022793;AK022914;AK023033;AK024242;AK024736;AK025061;AK025975;AK054726;AK055254;AK055332;AK055364;AK055550;AK055623;AK055974;AK056135;AK056211;AK056252;AK056657;AK056686;AK056897;AK056973;AK057332;AK057471;AK057473;AK090681;AK091028;AK093107;AK093362;AK093519;AK093892;AK093940;AK094342;AK094577;AK094963;AK095285;AK096329;AK096932;AK097472;AK097590;AK097787;AK097794;AK123067;AK123300;AK123543;AK123934;AK123947;AK124056;AK124179;AK124326;AK124399;AK124439;AK124973;AK125311;AK125532;AK125860;AK126307;AK126852;AK127048;AK127179;AK128202;AK128414;AK128534;AK128697;AK128707;AK130911;AK131020;AK131516;AK296065;AK302545;AK307192;AK307207;AK310146;AK310751;AK311356;AK311380;AL050132;AL110181;AL137445;AL137752;AL832593;AL832797;AL833634;ARL6IP4;ASB16-AS1;ASMTL-AS1;AX721123;AX746544;AX746567;AX746638;AX746690;AX746750;AX746755;AX746839;AX746995;AX747135;AX747174;AX747345;AX747375;AX747413;AX747750;AX747770;AX747870;AX747968;AX748062;AX748080;AX748125;AX748330;AY343891;AY343892;AY387666;AY660578;AY769439;BC002534;BC007399;BC008359;BC011648;BC014150;BC015429;BC015688;BC017347;BC017398;BC017578;BC019904;BC020917;BC021024;BC022431;BC028670;BC030750;BC031657;BC031864;BC031952;BC032407;BC032716;BC032795;BC032874;BC032901;BC032911;BC032916;BC033260;BC033560;BC034424;BC034927;BC035172;BC035195;BC035247;BC035392;BC036345;BC036404;BC036594;BC036921;BC037347;BC037497;BC037540;BC037952;BC037970;BC038201;BC038576;BC038578;BC039168;BC039180;BC039377;BC039382;BC039399;BC039485;BC039493;BC039516;BC039681;BC040333;BC040631;BC040909;BC041003;BC041327;BC041488;BC041872;BC042052;BC042382;BC042825;BC043213;BC043355;BC043400;BC043570;BC043587;BC044939;BC045731;BC046497;BC048982;BC051808;BC062328;BC062758;BC069792;BC069815;BC071770;BC071809;BC072410;BC073899;BC073928;BC080653;BC087857;BC089451;BC112312;BC137157;BC142949;BC144457;BX161496;BX248273;BX537909;BX640700;BX647608;BX648826;BX648855;C11orf72;C11orf92;C14orf132;C18orf56;LINC00337;C1orf220;C1orf99;C1RL-AS1;ARRDC1-AS1;CCBP2;CDIPT-AS1;CDKN2B-AS1;CECR7;CHKB-AS1;CIRBP-AS1;CR627135;CR627148;CR933665;CR936677;CRNDE;CROCCP2;LINC01192;D43770;DDX11-AS1;DGCR9;DHRS4-AS1;DIO3AS;DIO3OS;DJ031144;DJ031154;DKFZp434J0226;DLEU2;DLEU7-AS1;DLG1-AS1;DQ515899;DQ592230;DSCR10;DSCR9;Em:AC008101.5;ENTPD3-AS1;FAM138F;FAM157A;FAM201A;FAM224B;FAM225A;FAM225B;FAM41C;FENDRR;FEZF1-AS1;FGF11;FGF13-AS1;FLJ12825;FLJ33534;LINC01184;FLJ36777;FLJ37201;FLJ38668;FLJ39080;LINC-PINT;FLJ45445;FLJ46906;FOXD2-AS1;FZD10-AS1;GAS5;GATA3-AS1;GHRLOS;GNAS-AS1;GRIK1-AS1;GUSBP11;GUSBP4;H1FX-AS1;HAR1A;PWAR6;HCG18;hCG_2003567;hCG_2032978;HERV-Fb1;HEXIM2;HHIP-AS1;HLA-F-AS1;HOXA-AS3;HOXA11-AS;HOXC5;HPN-AS1;HULC;IGF2-AS;IPW;ISM1-AS1;JAZF1-AS1;KDM4A-AS1;KDM4C;KTN1-AS1;LBX2-AS1;LEF1-AS1;LEMD1-AS1;LGALS8-AS1;LINC00085;LINC00087;LINC00092;LINC00115;LINC00174;LINC00176;LINC00240;LINC00299;LINC00312;LINC00336;LINC00339;LINC00346;LINC00460;LINC00467;LINC00470;LINC00472;LINC00473;LINC00476;LINC00479;LINC00482;LINC00487;LINC00514;LINC00518;LINC00520;LINC00525;LINC00626;LINC00641;LINC00649;LINC00664;LINC00668;LINC00672;LINC00689;LINC00704;LINC00839;LINC00858;LINC00862;LINC00865;LINC00886;LINC00896;LINC00898;LINC00907;LINC00908;LINC00910;LINC00922;LINC00924;LINC00937;LINC00938;LINC00941;LINC00954;LOC100128239;LOC100128881;LOC100130275;LOC100130557;LOC100131496;LOC100131825;LOC100132062;LOC100132111;LOC100133331;LOC100133612;LOC100144595;LOC100287015;LOC100422737;LOC100499405;LOC100505633;LOC100505659;LOC100505761;LOC100506071;LOC100506190;LOC100506305;LOC100506385;LOC100506469;LOC100506599;LOC100506714;LOC100506795;LOC100506810;LOC100506895;LOC100507194;LOC100507377;LOC100507564;LOC100652770;LOC100996255;LOC113386;LOC148709;LOC151121;LOC151760;LOC152225;LOC154092;LOC157381;LOC202781;LOC254128;LOC283587;LOC284023;LOC284454;LOC284551;LOC284751;LOC284837;MIF-AS1;LOC284912;LOC286059;LOC286467;LOC339505;LOC339524;LOC340113;LOC387723;LOC388906;LOC388942;LOC389043;LOC389247;LOC389641;LOC400654;LOC400655;LOC401052;LOC401074;LOC401164;LOC401242;LOC401320;LOC401397;LOC440028;LOC541471;LOC550643;LOC554174;MNX1-AS1;LOC654433;LOC727982;LOC79015;LRP4-AS1;MAFG-AS1;MAGI2-AS3;MAPKAPK5-AS1;MBNL1-AS1;MCM3AP-AS1;MEG3;mir-133b;MIR100HG;MIR137HG;MIR210HG;MIR22HG;MIR503HG;MIRLET7BHG;MORC2-AS1;MRPL23-AS1;MYCNOS;MYLK-AS1;HAND2-AS1;NCBP2-AS2;NDUFB2-AS1;NOP14-AS1;NR2F1-AS1;NUTM2A-AS1;OGFOD2;OR51B5;PWAR5;PART1;PCBP1-AS1;PDXDC2P;PGM5-AS1;PP7080;PRKAG2-AS1;PRKG1-AS1;PTCHD3P1;PTPRG-AS1;PVT1;RAPGEF4-AS1;RBAKDN;RDH13;RGS5;RHPN1-AS1;RNF144A-AS1;RNF219-AS1;RUSC1-AS1;SEC24B-AS1;SERTAD4-AS1;THUMPD3-AS1;SLC8A1-AS1;SLX1B-SULT1A4;SNAI3-AS1;SNHG1;SNHG10;SNHG11;SNHG12;SNHG15;SNHG16;SNHG17;SNHG3;SNHG5;SNHG7;SNORA71B;SNORD116-20;SNURF-SNRPN;SPNS1;SRP14-AS1;SRRM2-AS1;ST7-AS2;ST8SIA6-AS1;STK4-AS1;TBX5-AS1;TMEM191A;TMEM191C;TMEM254-AS1;TMEM44-AS1;TMPO-AS1;TNRC6C-AS1;TP73-AS1;TPTEP1;TRIM72;TRPM2;TTC28-AS1;TUG1;U80769;U80770;UBAC2-AS1;USP3-AS1;VAC14-AS1;WDFY3-AS2;WEE2-AS1;ZBED3-AS1;ZFAS1;ZNF252P-AS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561 Cancer_Phenotype Carcinoma_of_bladder Bladder_urothelial_carcinoma_Stage_III(128)VSBladder_urothelial_carcinoma_Stage_II(126) AF086258;AK096329;AK124950;AK128707;AX748062;BC023568;BC030753;BC040327;BC089451;BX648855;LINC01235;LINC00470;LINC00607;LINC00922;LINC00930;LOC100132891;LOC100505702;mir-29b-2;PRKG1-AS1;SNHG5;SSTR5-AS1;TMEM51-AS1 22 Cancer_Phenotype Carcinoma_of_bladder Bladder_urothelial_carcinoma_Stage_III(128)VSBladder_urothelial_carcinoma_Stage_I(4) 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335 Cancer_Phenotype Carcinoma_of_bladder Bladder_urothelial_carcinoma_Stage_II(126)VSBladder_urothelial_carcinoma_(adjacent_normal)(19) 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591 Cancer_Phenotype Carcinoma_of_bladder Bladder_urothelial_carcinoma_Stage_II(126)VSBladder_urothelial_carcinoma_Stage_I(4) 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242 Cancer_Phenotype Carcinoma_of_bladder Bladder_urothelial_carcinoma_Stage_I(4)VSBladder_urothelial_carcinoma_(adjacent_normal)(19) 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688 Cancer_Phenotype Colon_Carcinoma Colon_adenocarcinoma_Stage_IIA(137)VSColon_adenocarcinoma_Stage_IIB(9) 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277 Cancer_Phenotype Colon_Carcinoma Colon_adenocarcinoma_Stage_III(21)VSColon_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(40) 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602 Cancer_Phenotype Colon_Carcinoma Colon_adenocarcinoma_Stage_IIIA(12)VSColon_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(40) 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922 Cancer_Phenotype Colorectal_Carcinoma Colorectal_carcinoma_Stage_IV_(ajcc)(18)VSColorectal_carcinoma_Metastatic_Stage_IV_(liver_ajcc)(17) FENDRR;LINC01082 2 Cancer_Phenotype Cutaneous_Melanoma Cutaneous_melanoma_Cell_Line_MeWo(3)VSCutaneous_melanoma_Short-Term_Culture(8) AC004076.5;AL035610.2;BBOX1-AS1;CTD-2026K11.6;CTD-2078B5.2;CTD-2196E14.5;CTD-2574D22.4;CTD-3099C6.9;DANCR;DNM1P41;FLJ22447;KCTD21-AS1;LINC00649;LINC00674;LINC00958;LINC00997;LINC01270;LINC01502;NUTM2B-AS1;PKI55;RP11-159D12.8;RP11-175O19.4;RP11-214K3.21;RP11-268J15.5;RP11-319G6.1;RP11-389C8.2;RP11-459E5.1;RP11-477J21.6;RP11-584P21.2;RP11-660L16.2;RP11-809C18.3;RP11-977G19.11;SCARNA9;SNHG1;SNHG16;SNHG7;TTTY15;UPK1A-AS1;ZNF674-AS1;RP1-90G24.10;RP11-1094M14.11 41 Cancer_Phenotype Cutaneous_Melanoma Skin_cutaneous_melanoma_Stage_IIIB(11)VSSkin_cutaneous_melanoma_Metastatic_Stage_III(38) 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1180 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_diseases(7)VSEsophageal_diseases_Normal(5) AC009948.5;AC103563.9;AC107072.2;AP000432.3;AP000648.5;C5orf66-AS1;CH507-154B10.1;CH507-154B10.2;CH507-24F1.1;CTC-340A15.2;GLG1;LINC00504;LL22NC03-N64E9.1;LOXL1-AS1;NUTM2B-AS1;RP1-78O14.1;RP11-1002K11.1;RP11-1152H15.1;RP11-137H15.3;RP11-274H2.5;RP11-346D14.1;RP11-351J23.1;RP11-435O5.2;RP11-56L13.1;RP11-588K22.2;RP11-635L1.2;RP11-800A3.2;RP11-875H7.5;SNHG3;TIPARP-AS1;AC005682.5;PYCARDOS 32 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_I(8)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IIA(39) 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184 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_I(8)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) AFAP1-AS1;AK056973;AK125759;AK299452;AK311131;BC015688;BC016972;BC020917;BC021024;BC030750;BC032716;BC038201;BC039455;BC046476;BC071809;ARRDC1-AS1;CASC2;CCAT1;COX10-AS1;DDX11-AS1;DHRS4-AS1;DQ515899;FOXD2-AS1;GAS5;HCG18;HCP5;HNRNPA1L2;HOXA11-AS;LBX2-AS1;ABHD11-AS1;LINC00086;LINC00092;LINC00857;LINC00884;LOC100128822;LOC100128881;LOC100505989;LOC100506233;LOC389641;LOC401397;LOC541471;MNX1-AS1;MCM3AP-AS1;MGC12965;NCBP2-AS2;NUTM2A-AS1;PART1;SBF2-AS1;SDHAP2;SNHG1;SNHG12;SNHG15;SNHG3;SNHG7;SPNS1;RNF217-AS1;THAP9-AS1;TRPM2;TTC28-AS1;ZNF790-AS1;LINC00152 61 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIA(39)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IA(5) AK093940;AK096329;AY387666;hCG_1643653;hCG_2032978;LINC00460;LOC389906;MIR100HG;RNF144A-AS1 9 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIA(39)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IB(7) AK307192;BC069815;LOC100499484;LOC151760;RASA4B;RGS5;WWTR1-AS1 7 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIA(39)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IIIC(7) AK024242;BVES-AS1;FGF11;LOC113386 4 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIA(39)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IV(5) HNRNPA1L2 1 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIA(39)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) A1BG;A1BG-AS1;AB000466;AC2;AF086258;AF279775;AF279780;AGAP2-AS1;AJ606330;AK000451;AK001351;AK021563;AK021876;AK022898;AK022914;AK023033;AK024242;AK024736;AK024998;AK027541;AK055250;AK055254;AK055364;AK055623;AK055974;AK056135;AK056252;AK056584;AK056657;AK056780;AK056973;AK056982;AK057471;AK057519;AK090593;AK091866;AK092619;AK093002;AK093107;AK093940;AK095285;AK096314;AK096329;AK096395;AK096932;AK097428;AK097453;AK097500;AK097791;AK097794;AK098012;AK124056;AK124439;AK124820;AK124973;AK125128;AK125463;AK125676;AK127183;AK127380;AK127557;AK127609;AK127787;AK127919;AK128707;AK299452;AK307192;AK309717;AK311380;AK311445;AL050085;AL137445;AL832252;AL832593;ARL6IP4;ASB16-AS1;AX721193;AX746567;AX746839;AX746995;AX747345;AX747981;AX748015;AX748125;AX748237;AY070437;AY387666;AY660578;AY769439;BC007399;BC008359;BC009735;BC011648;BC013599;BC014150;BC015429;BC015688;BC015784;BC017255;BC017347;BC017398;BC020917;BC021024;BC021693;BC022431;BC023201;BC023568;BC028022;BC031092;BC031657;BC031876;BC031952;BC032040;BC032716;BC032899;BC032901;BC033560;BC033983;BC033996;BC034319;BC034578;BC035106;BC035377;BC035392;BC036921;BC037254;BC037833;BC037970;BC038542;BC038576;BC039180;BC039382;BC039455;BC039485;BC039545;BC039681;BC040308;BC040901;BC041327;BC042032;BC042046;BC042048;BC042091;BC042098;BC042372;BC042825;BC043205;BC043511;BC043601;BC044305;BC045725;BC045731;BC045807;BC046476;BC050301;BC051759;BC062328;BC062758;BC062769;BC069792;BC070228;BC071809;BC073899;BC073928;BC077729;BC094703;BC112312;BC127858;BX248253;BX648855;C11orf72;C18orf56;LINC00337;C1RL-AS1;ARRDC1-AS1;CBRC7TM_40;CDIPT-AS1;CDKN2B-AS1;CHKB-AS1;CIRBP-AS1;COX10-AS1;CR627148;CR933665;CR936677;CRNDE;CRYM-AS1;CSTF3-AS1;D43770;DDX11-AS1;DGCR10;DGCR5;DGCR9;DIAPH3-AS1;DJ031130;DLEU2;DLEU7-AS1;DLG1-AS1;DLX6-AS1;DQ515898;DQ515899;DSCR9;DSE;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;EGFR-AS1;EGOT;ESRG;FAM225A;FAM225B;FAM83A-AS1;FGF11;FLJ13224;FLJ31104;FLJ37201;FLJ37453;FLJ38668;FLJ39080;LINC01235;FLJ41423;LINC-PINT;FLJ46906;FOXD2-AS1;FZD10-AS1;GAS5;GATA3-AS1;GLIS3-AS1;GUSBP4;HCG18;hCG_2032978;HCP5;HEXIM2;HNRNPA1L2;HOTAIR;HOXA-AS3;HOXC5;HAGLR;HOXD-AS2;IL21R-AS1;ILF3-AS1;ITGB2-AS1;KC6;KDM4A-AS1;KTN1-AS1;KU-MEL-3;LEF1-AS1;LEMD1-AS1;LGALS8-AS1;LINC00086;LINC00115;LINC00173;LINC00174;LINC00176;LINC00189;LINC00239;LINC00240;LINC00299;LINC00310;LINC00319;LINC00339;CASC15;LINC00460;LINC00470;LINC00471;LINC00487;LINC00518;LINC00520;LINC00525;LINC00592;LINC00605;LINC00612;LINC00626;LINC00637;LINC00649;LINC00662;LINC00668;LINC00673;LINC00704;LINC00707;LINC00880;LINC00885;LINC00898;LINC00899;LINC00910;LINC00920;LINC00941;LINC00944;LOC100128338;LOC100128881;LOC100129195;LOC100130275;LOC100132891;LOC100133161;LOC100133331;LOC100134229;LOC100287015;LOC100288846;LOC100289341;LOC100499183;LOC100505624;LOC100505702;LOC100505718;LOC100505817;LOC100506071;LOC100506083;LOC100506233;LOC100506599;LOC100506714;LOC100506963;LOC100507053;LOC100507140;LOC100507501;LOC100507564;LOC100652739;LOC113386;LOC151760;LOC152225;LOC154092;LOC157381;LOC254128;LOC283403;LOC284023;LOC284751;MIF-AS1;LOC285626;LOC285629;LOC285972;LOC286059;LOC286442;LOC286467;LOC339803;LOC375295;LOC389247;LOC389641;LOC389906;LOC401397;LOC440028;LOC440173;LOC440900;LOC541467;LOC541471;UBA6-AS1;LOC550643;LOC646268;LOC648987;LOC728730;MAFG-AS1;MAP3K14-AS1;MAPKAPK5-AS1;MATN1-AS1;MCM3AP-AS1;MGC12965;MGC20647;MGC45800;MGC4836;mir-29b-2;MIR155HG;MIR205HG;MIRLET7BHG;MORC2-AS1;MYC;NCBP2-AS2;NDUFB2-AS1;NOP14-AS1;NPSR1-AS1;NUTM2A-AS1;PARD6G-AS1;PCED1B-AS1;PRKCQ-AS1;PRR7-AS1;PVT1;RBAKDN;RGS5;RHPN1-AS1;RNF144A-AS1;RNF219-AS1;SBF2-AS1;SDHAP2;SFTA1P;SLC2A1-AS1;SMG7-AS1;SNHG1;SNHG10;SNHG11;SNHG12;SNHG15;SNHG16;SNHG17;SNHG3;SNHG6;SNHG7;SOX2-OT;SPATA41;SPNS1;STK4-AS1;RNF217-AS1;TERC;TEX40;THAP7-AS1;TMEM44-AS1;TMLHE-AS1;TMPO-AS1;TNRC6C-AS1;TP53TG1;TRB;TRPM2;TTC28-AS1;TUG1;U80770;U80773;UBAC2-AS1;UBL7-AS1;VAC14-AS1;WAC-AS1;WT1-AS;ZBED5-AS1;ZBTB20-AS1;ZEB1-AS1;ZFAS1;ZNF833P;ZNRD1-AS1;C14orf182;C14orf64;C17orf76-AS1;C21orf119;C3orf65;FLJ31306;KLHL7-AS1;LINC00152;LINC00263;LINC00669;LOC100133669;LOC100133985;LOC285696;LOC400043;MFI2-AS1;MGC45922 435 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IB(7)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) LOC389641;LOC541471;LINC00152 3 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIB(30)VSEsophageal_carcinoma_Stage_I(8) AK096314;AK124950;AX747968;LINC00240;LOC100132891 5 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIB(30)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IVA(4) LINC00476 1 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIB(30)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) 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338 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_III(26)VSEsophageal_carcinoma_Stage_I(8) AK096314;AK128707;AX721193;C14orf132;CASC15;LOC100132891 6 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_III(26)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IB(7) BC042913 1 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_III(26)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IVA(4) LINC00476 1 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_III(26)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) 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352 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIIA(13)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) 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Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIIB(10)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) AK096395;AK097791;ARL6IP4;AX747981;BC062758;BC073899;C18orf56;CHKB-AS1;DLEU2;FOXD2-AS1;HCG18;HCP5;HOXC5;MIF-AS1;LOC389641;LOC541471;MAPKAPK5-AS1;NCBP2-AS2;NUTM2A-AS1;PVT1;SDHAP2;SNHG1;SNHG10;SNHG12;SNHG17;SPNS1;TTC28-AS1;LINC00152 28 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IIIC(7)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) AGAP2-AS1;AK055623;AY660578;BC015688;BC028022;BC035392;FOXD2-AS1;GAS5;LOC100506963;LOC389641;LOC541471;SNHG1;SNHG11;SNHG12;SNHG15;SNHG17;SNHG7;SPNS1;THAP9-AS1;TTC28-AS1;ZEB1-AS1;LINC00152 22 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IV(5)VSEsophageal_carcinoma_(adjacent_normal)(10) AK307192;BC062758;HCP5;LINC00880;LOC541471;SNHG1;SPNS1;LINC00152 8 Cancer_Phenotype Esophageal_carcinoma Esophageal_carcinoma_Stage_IVA(4)VSEsophageal_carcinoma_Stage_IIA(39) 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763 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Classical(43)VSGlioblastoma_Proneural(85) GAS5;LL22NC03-2H8.5;RP11-167N5.5;RP11-72I8.1;SNHG6 5 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Classical(43)VSGlioblastoma_Proneural_+_Neural(5) CH507-154B10.2;NAPA-AS1;WDR11-AS1;MIR143HG 4 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Classical(43)VSGlioblastoma_Classical_+_Mesenchymal(6) AC074289.1;AC104534.2;KRT73-AS1;LINC01055;RP1-23E21.2;RP11-1072C15.6;RP11-130C19.3;RP11-147L13.2;RP11-159D12.2;RP11-304L19.2;RP11-434H6.7;RP11-434P11.1;RP11-636O21.1;RP11-780O17.1;TMEM161B-AS1;ZFAS1;ZNF883 17 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Neural(15)VSGlioblastoma_Proneural(85) ABCC5-AS1;AC002511.2;AC004012.1;AC007326.10;AC007682.1;AC013394.2;AC017006.2;AC022819.3;AC064871.3;AC079610.1;AC091801.1;AF064858.11;AF146191.4;AL133247.2;AP000235.2;AP001057.1;AP001464.4;AP001596.6;ARHGEF26-AS1;C1orf220;CH507-145C22.1;CH507-154B10.2;CH507-24F1.2;CH507-254M2.1;CH507-254M2.2;CH507-338C24.1;CTB-77H17.1;CTC-429P9.5;CTC-459M5.1;CTD-2269F5.1;CTD-2576F9.2;DUXAP8;EGFR-AS1;EPB41L4A-AS1;GAS5;HMMR-AS1;HOXA-AS2;LINC00320;LINC00449;LINC00461;LINC00643;LINC00868;LINC00907;LINC00996;LINC01002;LINC01078;LINC01116;LINC01195;LINC01206;LINC01269;MEG3;MGC39584;NEXN-AS1;OR2A1-AS1;RP1-150O5.3;RP1-17K7.2;RP1-200K18.1;RP1-40E16.9;RP11-1072N2.3;RP11-1079K10.3;RP11-10A14.5;RP11-1376P16.1;RP11-1379J22.2;RP11-154D17.1;RP11-171L9.1;RP11-227G15.11;RP11-254I22.1;RP11-278L15.2;RP11-29G8.3;RP11-313P18.2;RP11-314M24.1;RP11-324D17.3;RP11-327J17.7;RP11-327L3.3;RP11-328J2.1;RP11-345M22.2;RP11-351C8.1;RP11-374A4.1;RP11-383C5.3;RP11-402L1.11;RP11-402N8.1;RP11-423C15.3;RP11-46A10.2;RP11-473A10.2;RP11-496I2.2;RP11-506M13.3;RP11-586K2.1;RP11-59J16.2;RP11-643G5.7;RP11-665J16.1;RP11-666A8.8;RP11-679B19.1;RP11-698N11.2;RP11-707F2.1;RP11-717F1.2;RP11-745C15.2;RP11-77K12.3;RP11-81H3.2;RP11-87N24.3;RP11-94M14.2;RP11-966I7.3;RP11-977G19.5;RP13-216E22.5;RP3-508I15.9;RP4-568C11.4;RP4-669L17.10;RP5-828H9.4;RP5-951N9.1;RP5-971N18.3;SNHG14;SNHG8;TPT1-AS1;TTC21B-AS1;U95743.1;XXbac-BPG181B23.7;ZFX-AS1;LINC00969 117 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Neural(15)VSGlioblastoma_Classical(43) AC013394.2;EGFR-AS1;LINC00461;MEG3 4 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Mesenchymal(93)VSGlioblastoma_Proneural(85) AC005618.6;AC006116.24;AC007682.1;AC013448.1;AC093642.1;AP000892.6;C14orf132;CH507-24F1.2;CH507-254M2.1;CH507-254M2.2;CTC-543D15.7;CTD-3252C9.4;DGCR5;DUXAP8;EGFR-AS1;FAM157C;GAS5;KB-1183D5.13;KMT2E-AS1;LINC00504;LINC01002;LINC01116;LINC01278;LL22NC03-2H8.5;MIR4458HG;MIR6080;NEAT1;OR2A1-AS1;PAX8-AS1;PDXDC2P;PPIEL;RBFADN;RMRP;RP11-101E13.5;RP11-111F5.4;RP11-138A9.1;RP11-138A9.2;RP11-15A1.3;RP11-161H23.5;RP11-320P7.2;RP11-384F7.2;RP11-395L14.18;RP11-513I15.6;RP11-514P8.8;RP11-524D16__A.3;RP11-53O19.1;RP11-563K23.1;RP11-703G6.1;RP11-717F1.2;RP11-72I8.1;RP11-732A19.8;RP11-745C15.2;RP11-768G7.2;RP11-799B12.1;RP11-848P1.4;RP13-616I3.1;RP4-610C12.4;RP4-669L17.10;RP5-1037N22.2;RP5-1085F17.3;SNHG6;SOX2-OT;THRB-IT1;ZNF667-AS1;ZNF790-AS1;AC005154.6;C14orf23;FLJ31306;LINC00969;MIR4435-1HG;PAXIP1OS 71 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Mesenchymal(93)VSGlioblastoma_Classical(43) 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123 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Mesenchymal(93)VSGlioblastoma_Proneural_+_Classical(20) AC004158.2;AC007620.3;AC012123.1;AC016716.2;AC022154.7;AC023115.2;AC093673.5;AP000281.2;CTB-151G24.1;CTC-459F4.3;ERVK13-1;FOXG1-AS1;FTX;IDH1-AS1;LINC00909;LINC01141;MIR22HG;MIR4458HG;PAX8-AS1;PLCE1-AS2;PTCHD1-AS;RP1-104O17.1;RP11-138A9.2;RP11-145M9.4;RP11-15A1.3;RP11-161H23.5;RP11-259P20.1;RP11-266L9.5;RP11-30L15.6;RP11-315I20.1;RP11-320P7.2;RP11-384F7.2;RP11-429D19.1;RP11-444D3.1;RP11-478C19.2;RP11-4C20.3;RP11-513I15.6;RP11-524D16__A.3;RP11-5C23.1;RP11-620J15.3;RP11-642D21.1;RP11-66D17.5;RP11-74C3.1;RP11-98I9.4;RP13-582O9.5;RP4-614O4.13;RP5-823G15.5;RP6-99M1.3;SOX2-OT;AC005154.6;C14orf23;LRRC75A-AS1;PAXIP1OS 53 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Mesenchymal(93)VSGlioblastoma_Proneural_+_Neural(5) 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1091 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Mesenchymal(93)VSGlioblastoma_Classical_+_Mesenchymal(6) 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1472 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Mesenchymal(93)VSGlioblastoma_Neural_+_Mesenchymal(19) CH507-145C22.3;CH507-24F1.1;CTD-2104P17.2;RP4-565E6.1 4 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Classical_+_Mesenchymal(6)VSGlioblastoma_Proneural(85) 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-AS1;TMEM161B-AS1;TMEM44-AS1;TOLLIP-AS1;TOPORS-AS1;TRAF3IP2-AS1;TRAM2-AS1;TRHDE-AS1;TRIM52-AS1;TTC28-AS1;TTTY10;TTTY13;TTTY14;TTTY15;TTTY2;TTTY22;TTTY2B;TTTY4;TTTY4B;TTTY4C;TUB-AS1;U62631.5;UCA1;USP2-AS1;VCAN-AS1;WASIR1;WASIR2;WDR11-AS1;WEE2-AS1;XXbac-BCX196D17.5;XXbac-BPG254F23.7;Z69720.3;ZBED3-AS1;ZFAS1;ZMIZ1-AS1;ZNF197-AS1;ZNF385D-AS1;ZNF667-AS1;ZNF883;ZNF888;ZNRD1-AS1;AC005154.6;AC016735.2;AC026904.1;C5orf27;CXorf28;FAM183CP;FLJ31306;FLJ37505;GTSE1-AS1;IL10RB-AS1;LINC00152;LINC00202-1;LINC00669;LINC00969;MIR143HG;MLLT4-AS1;RP11-1094M14.11;RP11-189E14.4;RP11-327J17.1;RP11-396F22.1;RP11-400N13.3;RP11-705O24.1;RP11-766N7.4;RP5-1024C24.1 1288 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Classical_+_Mesenchymal(6)VSGlioblastoma_Proneural_+_Classical(20) RP11-434P11.1 1 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Neural_+_Mesenchymal(19)VSGlioblastoma_Proneural(85) AC007682.1;AC009404.2;AC064875.2;ADAMTS9-AS2;CH507-145C22.3;CH507-154B10.1;CH507-24F1.1;CH507-24F1.2;CH507-254M2.1;CH507-254M2.2;CPB2-AS1;CTB-160O22.1;CTD-2104P17.2;CTD-3049M7.1;DUXAP8;LA16c-358B7.3;LINC00349;LINC00662;LINC00839;LINC01002;LINC01116;LINC01189;LINC01314;LINC01350;MIR4697HG;NR2F2-AS1;PWAR6;RP1-140K8.5;RP11-14N7.2;RP11-161H23.5;RP11-294J22.6;RP11-2C15.1;RP11-383C5.3;RP11-417O18.1;RP11-439E19.7;RP11-463I20.1;RP11-469N6.3;RP11-513O13.1;RP11-514D23.1;RP11-638L3.3;RP11-66N24.6;RP11-70C1.1;RP11-717F1.2;RP11-745C15.2;RP11-849F2.9;RP11-87H9.4;RP4-669L17.10;RP4-671O14.5;RP5-1185I7.1;SNHG17;SOX2-OT;THUMPD3-AS1;TTTY11;ZFAS1 54 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_Neural_+_Mesenchymal(19)VSGlioblastoma_Classical(43) RP11-166D19.1 1 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_None(88)VSGlioblastoma_Proneural(85) AC006116.24;AC007682.1;LL22NC03-2H8.5;RP11-138A9.1;RP11-384F7.2;PAXIP1OS 6 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_None(88)VSGlioblastoma_Neural(15) 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97 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_None(88)VSGlioblastoma_Proneural_+_Classical(20) CTC-428H11.2;MIR4458HG;RP11-15A1.3;RP11-319G6.1;RP11-320P7.2;RP11-620J15.3;RP11-74C3.1;PAXIP1OS 8 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_None(88)VSGlioblastoma_Proneural_+_Neural(5) 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1035 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_None(88)VSGlioblastoma_Classical_+_Mesenchymal(6) 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1522 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_None(88)VSGlioblastoma_Neural_+_Mesenchymal(19) AC009404.2;AC064875.2;CH507-145C22.3;CH507-24F1.1;CTB-160O22.1;CTD-2104P17.2;PWAR6;RP11-87H9.4;SOX2-OT 9 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_multiforme_Recurrent(13)VSGlioblastoma_multiforme_(adjacent_normal)(5) 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175 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_multiforme(156)VSGlioblastoma_multiforme_Recurrent(13) AF086219;AK023515;AX721123;BC033260;BC033962;BC033989;BC033997;BC035195;BDNF-AS;C8orf87;CACNA2D3-AS1;FLJ12825;IDI2-AS1;LINC00240;LINC00310;LINC00907;LINC00939;LOC100506497;LOC145845;LOC550113;HAND2-AS1;NR2F1-AS1;ST7-AS2;TTTY2;C6orf123;LINC00669 26 Cancer_Phenotype Glioblastoma Glioblastoma_multiforme(156)VSGlioblastoma_multiforme_(adjacent_normal)(5) 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569 Cancer_Phenotype Glioma Glioma_Stage_non-enhancing_FLAIR+_Sample(36)VSGlioma_Stage_contrast-enhancing_sample(39) 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1443 Cancer_Phenotype Glioma Brain_Lower_Grade_Glioma(516)VSBrain_Lower_Grade_Glioma_Recurrent(18) 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211 Cancer_Phenotype Leukemia Acute_lymphoblastic_leukemia_Blood(6)VSAcute_myeloid_leukemia_Blood(22) 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614 Cancer_Phenotype Leukemia Acute_lymphoblastic_leukemia_Blood(6)VSCord_blood_cells(17) 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2273 Cancer_Phenotype Leukemia Acute_lymphoblastic_leukemia_Blood(6)VSAcute_myeloid_leukemia_Bone_marrow(21) 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349 Cancer_Phenotype Leukemia Acute_myeloid_leukemia_Bone_marrow(21)VSCord_blood_cells(17) 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5213 Cancer_Phenotype Leukemia Acute_myeloid_leukemia_Bone_marrow(21)VSAcute_lymphoblastic_leukemia_Bone_marrow(6) AC004893.11;AC005356.1;AC007308.6;CEBPA-AS1;CTC-499J9.1;CTD-2020K17.3;CTD-2647E9.3;FLJ22447;FMR1-IT1;GATA2-AS1;HOXA10-AS;HOXB-AS2;HOXB-AS3;KB-1742H10.3;LINC00641;LINC00899;LINC01001;LINC01475;LINC01515;MIR10A;PCBP1-AS1;RABGAP1L-IT1;RP11-129J12.1;RP11-136F16.1;RP11-147L13.15;RP11-15B17.1;RP11-15H20.6;RP11-296O14.3;RP11-322E11.2;RP11-326N17.2;RP11-356I2.4;RP11-363E7.4;RP11-378J18.8;RP11-381K20.2;RP11-388P9.2;RP11-473M20.7;RP11-573D15.9;RP11-617F23.1;RP11-644A7.2;RP11-666O2.2;RP11-87F15.2;RP11-96K19.2;RP11-96K19.4;RP13-188A5.1;RP13-638C3.5;RP5-902P8.10;RP6-109B7.5;RP6-74O6.6;SNHG5;XXbac-B135H6.15;LINC00969 51 Cancer_Phenotype Leukemia Acute_lymphoblastic_leukemia_Bone_marrow(6)VSCord_blood_cells(17) 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1851 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIA(62)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_(adjacent_normal)(42) 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197 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIA(62)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIB(7) AK094674;AK097866;AK127270;ZNF512 4 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_III(3)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_(adjacent_normal)(42) 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122 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_I(167)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_(adjacent_normal)(42) 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295 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_II(84)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIB(7) AK000470;AK094674;AX746683;BCAR4;DIO3AS;ENTPD1-AS1;GUSBP4;LINC00469;ZNF512 9 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_II(84)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIC(9) BC040327;HAPLN4;LINC00469;LINC00880;LOC284912;SNX29P2;TMEM161B-AS1 7 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIB(7)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_(adjacent_normal)(42) AJ606331;AK055890;AK056973;AK091996;AK094674;AK123292;AK127270;ASB16-AS1;BC017988;BC038779;BC042046;DIO3AS;DIO3OS;EDC4;FAM83A-AS1;FENDRR;HAR1B;LINC00467;LOC100506190;LOC643355;HAND2-AS1;PCA3;PGM5-AS1;C14orf64;C21orf88 25 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IIIC(9)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_(adjacent_normal)(42) 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111 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IV(3)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_Stage_I(167) 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336 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Liver_hepatocellular_carcinoma_Stage_IV(3)VSLiver_hepatocellular_carcinoma_Stage_II(84) 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392 Cancer_Phenotype Liver_carcinoma Cholangiocarcinoma_Stage_IVB(3)VSCholangiocarcinoma_Stage_I_(adjacent_normal)(7) A1BG;A1BG-AS1;ADORA2A-AS1;AF143870;AK026502;AK054623;AK091028;AK091996;AK096395;AK097590;AK127919;AK309896;ARHGAP5-AS1;AX746725;AX747135;BC005905;BC010924;BC036500;BC037861;BC040634;BC043620;BC070363;BC071794;CASC2;CDK11A;CHMP4A;DHRS4-AS1;DLEU2;KLF3-AS1;HCG18;hCG_1643653;HNRNPA1L2;JPX;LINC00574;LINC00893;LINC00910;LOC100129195;LOC100287015;LOC100288069;LOC100506229;LOC100507244;LOC100507389;LOC157273;LOC254128;LOC255167;LOC283587;LOC387723;LOC389641;LOC401320;LOC401397;LOC645434;LOC654841;MBNL1-AS1;MGC12965;MGC27382;PP7080;SERHL;SNHG12;SNHG7;SPATA41;THAP9-AS1;ZFAS1;ZNRD1-AS1;C17orf76-AS1;DYNLL1-AS1;LOC100133669 66 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Smoker(32)VSLung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(34) 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1636 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Current_smoker(15)VSLung_adenocarcinoma_Normal_Smoker(30) 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878 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Current_smoker(15)VSLung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(34) 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943 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(36)VSLung_adenocarcinoma_Smoker(32) TTTY15;XIST 2 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(36)VSLung_adenocarcinoma_Current_smoker(15) FAM95B1;MIR10A;XIST 3 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(36)VSLung_adenocarcinoma_Normal_Smoker(30) 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2395 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(36)VSLung_adenocarcinoma_Normal_Current_smoker(10) 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451 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(36)VSLung_adenocarcinoma_Normal_Never_smoker(34) 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1820 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Invasive(6)VSLung_adenocarcinoma_Normal(6) CH17-360D5.2 1 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IIIA(73)VSLung_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(59) 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Lung_adenocarcinoma_Stage_IIIA(73)VSLung_adenocarcinoma_Stage_IIIB(11) AK056689;TMEM254-AS1 2 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IIA(51)VSLung_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(59) 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873 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IIA(51)VSLung_adenocarcinoma_Stage_I(5) AK097428;DHRS4-AS1;LINC00839;LOC100129055;LOC100129858;LOC388942;LOC654433;TTTY14;RASAL2-AS1;TTTY15;WEE2-AS1;ZNF512;C17orf76-AS1 13 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IB(140)VSLung_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(59) 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109 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IIIB(11)VSLung_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(59) 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322 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IIIB(11)VSLung_adenocarcinoma_Stage_IIB(73) AK056689;BC032026;BC046191;LINC00900 4 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IV(27)VSLung_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(59) 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528 Cancer_Phenotype Lung_adenocarcinoma Lung_adenocarcinoma_Stage_IV(27)VSLung_adenocarcinoma_Stage_IA(133) AF086288;BC040914;BC042538;LINC00494;LINC00698 5 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIIA(62)VSLung_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(51) 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1185 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIA(63)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_I(3) 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132 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIA(63)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_III(3) 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120 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IB(151)VSLung_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(51) 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235 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IA(88)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIIB(20) BC038722;LOC643723;LOC731275;MIR17HG;XIST 5 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IA(88)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IV(7) 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201 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIB(91)VSLung_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(51) 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1260 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIB(91)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_I(3) 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191 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIB(91)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIIB(20) AK308605;LOC731275;MIR17HG;MIRLET7BHG 4 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIB(91)VSLung_squamous_cell_carcinoma_Stage_III(3) 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310 Cancer_Phenotype Lung_squamous_cell_carcinoma Lung_squamous_cell_carcinoma_Stage_IIIB(20)VSLung_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(51) 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267 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_I(30)VSRectum_adenocarcinoma_Stage_IIIA(9) AGAP11;AK000470;AK075337;AK097658;AK097791;AK126693;AK302511;AK309896;AK310751;AK311108;AL117485;AL137655;ATP1A1-AS1;AX746683;BC031953;BC037952;BC041488;BC071802;BC082979;C11orf72;CXADRP3;DQ599872;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;FAM157A;FLJ00285;FLJ45445;FTX;IDS2;LINC00266-1;LINC00894;LOC100132062;LOC100133161;LOC100133331;LOC284412;LOC440894;LOC554249;LOC643837;LOC731275;PDZK1P1;RASA4B;SNHG5;SNHG6;TBC1D3P1-DHX40P1;TMEM191C;TMLHE-AS1;TPTE2P6;USP3-AS1;C14orf23 48 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_I(30)VSRectum_adenocarcinoma_Stage_IVA(9) 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A1BG-AS1;A2M-AS1;AB429224;ADAMTS9-AS2;AF143870;AF161442;AF279780;AGAP11;AGAP2-AS1;AJ606316;AK000470;AK021563;AK022914;AK023515;AK024242;AK024248;AK024736;AK025061;AK054708;AK055550;AK055712;AK056625;AK056657;AK056780;AK056897;AK057519;AK075337;AK091265;AK091996;AK093416;AK093940;AK094343;AK094577;AK095365;AK096314;AK096329;AK096932;AK097193;AK097658;AK097791;AK097803;AK123292;AK124056;AK124399;AK125412;AK125463;AK125532;AK125727;AK125860;AK126351;AK126693;AK126852;AK127120;AK128833;AK130911;AK131020;AK296065;AK302511;AK307192;AK307207;AK309896;AK310751;AK311108;AL050132;AL110181;AL117485;AL137655;AL137752;AL832593;AL832737;AL832797;ARL6IP4;ASB16-AS1;ASMTL-AS1;ATP1A1-AS1;AX746542;AX746596;AX746683;AX746690;AX746750;AX746839;AX746995;AX747182;AX747413;AX747440;AX747598;AX747750;AX747770;AX748066;AX748125;AY343891;AY343892;AY769439;BC007399;BC013599;BC013821;BC014119;BC015688;BC015977;BC016751;BC021693;BC025370;BC028204;BC030750;BC031092;BC031657;BC031953;BC032716;BC032899;BC032901;BC033124;BC033528;BC033996;BC034424;BC035080;BC035084;BC035889;BC036412;BC036442;BC036500;BC036921;BC037833;BC037952;BC038210;BC038245;BC039382;BC039668;BC039681;BC041466;BC041488;BC042048;BC042098;BC042538;BC042825;BC043173;BC043400;BC043554;BC043601;BC044939;BC045578;BC045731;BC051441;BC051808;BC062745;BC062769;BC069792;BC069815;BC070376;BC071802;BC071809;BC073932;BC080555;BC082979;BC089451;BC094703;BC132948;BC136808;BDNF-AS;BMS1P4;BMS1P6;BX248253;BX248273;BX538254;BX538274;BX648826;BX648855;C11orf72;C11orf92;C14orf132;C1RL-AS1;LINC01006;CCAT1;CD27-AS1;CDKN2B-AS1;CHKB-AS1;CHMP4A;CR627135;CR933665;CRNDE;CXADRP3;CYP1B1-AS1;CYP4F35P;DDX11-AS1;DHRS4-AS1;DIO3AS;DJ031130;DLG1-AS1;DLX6-AS1;DQ515898;DQ515899;DQ599872;DQ658414;DQ786258;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;EDC4;Em:AC008101.5;ESRG;FAM157A;FAM157B;FAM182A;FAM225A;FENDRR;FEZF1-AS1;FGD5-AS1;SENCR;FLJ00285;FLJ31104;FLJ37453;FLJ41941;LINC-PINT;FLJ45445;FLJ46906;FOXN3-AS1;FTX;GAS5;GJD3;GLIS3-AS1;GNG12-AS1;GUSBP11;H19;PWAR6;HCG18;hCG_2003567;HEXA-AS1;HEXIM2;HHIP-AS1;HLA-F-AS1;HNRNPA1L2;HOXA-AS3;HAGLR;HULC;IDS2;Ig_alpha_1-[alpha]2m;IPW;KCNQ1OT1;KDM4A-AS1;CCDC183-AS1;LEF1-AS1;LIMS3-LOC440895;LINC00085;LINC00087;LINC00092;LINC00114;LINC00115;LINC00174;LINC00261;LINC00265;LINC00266-1;LINC00336;LINC00346;LINC00460;LINC00525;LINC00526;LINC00638;LINC00641;LINC00659;LINC00667;LINC00675;LINC00704;LINC00857;LINC00858;LINC00865;LINC00880;LINC00885;LINC00887;LINC00894;LINC00896;LINC00908;LINC00922;LINC00937;LINC00938;LINC00940;LOC100127888;LOC100128239;LOC100128338;LOC100128531;LOC100128881;LOC100129195;LOC100130238;LOC100130275;LOC100131067;LOC100131825;LOC100132062;LOC100132707;LOC100133161;LOC100133286;LOC100133331;LOC100144602;LOC100288069;LOC100288123;LOC100288846;LOC100422737;LOC100499227;LOC100505549;LOC100505633;LOC100505715;LOC100505738;LOC100505817;LOC100505989;RNASEH1-AS1;LOC100506083;LOC100506190;LOC100506233;LOC100506385;LOC100506421;LOC100506469;LOC100506714;LOC100506795;LOC100506810;LOC100506844;LOC100506990;LOC100507053;LOC100507254;STX18-AS1;LOC100507334;LOC100507501;LOC100507564;LOC145837;LOC148709;LOC150381;LOC200772;LOC254099;LOC254128;LOC255130;LOC257358;LOC283856;LOC284751;LOC284837;MIF-AS1;LOC285629;LINC01268;LOC286467;LOC339524;LOC339803;LOC375295;LOC388906;LOC389023;LOC389332;LOC389641;LOC389906;LOC399744;LOC400794;LOC440894;LOC440925;LOC541471;LOC554249;LOC643837;MNX1-AS1;LOC646329;LOC728730;LOC729950;LOC731275;LOH12CR2;MAFG-AS1;MAGI2-AS3;MAPKAPK5-AS1;MATN1-AS1;MBNL1-AS1;MCM3AP-AS1;MDP1;MEG3;MGC20647;MGC32805;MIR100HG;MIR17HG;MIR22HG;MIR503HG;MIRLET7BHG;HAND2-AS1;NDUFB2-AS1;NR2F1-AS1;NUTM2A-AS1;OGFOD2;OIP5-AS1;PART1;PCBP1-AS1;PDXDC2P;PDZK1P1;PGM5-AS1;POLR2J4;PRKAG2-AS1;PRKG1-AS1;PRR7-AS1;PTCHD3P1;PVT1;RASA4B;RFPL1S;RHPN1-AS1;RNF157-AS1;RPPH1;SATB2-AS1;SCARNA9;SDHAP2;SEC16B;SERTAD4-AS1;SFTA1P;SHANK2-AS1;SLX1B-SULT1A4;SNHG1;SNHG11;SNHG12;SNHG15;SNHG16;SNHG17;SNHG3;SNHG7;SNHG8;SNORA71B;SNURF-SNRPN;SOCS2-AS1;SPNS1;SPTY2D1-AS1;SRD5A3-AS1;SRP14-AS1;ST7-OT4;STXBP5-AS1;TBC1D3P1-DHX40P1;TERC;TEX40;TINCR;TMEM191A;TMEM191C;TMLHE-AS1;TOPORS-AS1;TP53TG1;TP73-AS1;TPTE2P6;TRPM2;TSTD3;UCA1;UNQ6494;USP3-AS1;VAC14-AS1;ZBED5-AS1;ZFAS1;ZNF252P-AS1;ZNF337;ZNF503-AS2;ZNF582-AS1;ZNF667-AS1;ZNF790-AS1;ZNRD1-AS1;BZRAP1-AS1;C14orf23;C1orf180;C20orf166-AS1;C21orf49;C21orf88;FLJ27354;LINC00152;LINC00936;LOC100505812;LOC400043;LOC553103;LOC643401;MFI2-AS1 456 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_II(8)VSRectum_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(10) AK024736;AK091265;AK094343;AK094985;AK095112;AK296065;AL110181;ARL6IP4;AX746596;AX747750;AX748125;BC034424;BC037972;BC041466;BC043205;BC069815;BC077729;BX647249;C14orf132;CDKN2B-AS1;CR627135;CYP1B1-AS1;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;FENDRR;SENCR;FLJ31104;FLJ37453;FLJ46906;GAS5;GNG12-AS1;HAGLR;Ig_alpha_1-[alpha]2m;LEMD1-AS1;LINC00092;LINC00574;LINC00654;LINC00908;LINC00940;LINC00957;LOC100128338;LOC100131067;LOC100422737;LOC100505549;LOC100506795;LOC100507053;LOC100507564;LOC145837;LOC148709;LOC254128;LOC339524;LOC389023;LOC440925;LOC541471;MNX1-AS1;LOC729950;MAFG-AS1;MATN1-AS1;MBNL1-AS1;MIR17HG;NUTM2A-AS1;PCBP1-AS1;PDXDC2P;PGM5-AS1;PRKAG2-AS1;RHPN1-AS1;SEC16B;SNHG1;SNHG11;SNHG12;SNHG15;SNHG17;SNHG3;SNHG7;SNURF-SNRPN;TINCR;ZFAS1;ZNF667-AS1;ZNF790-AS1;C15orf37;C21orf88;LINC00936;LOC400043 82 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum 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560 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_III(6)VSRectum_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(10) AK055712;AK094343;AK094577;AX747413;AX747750;AX747770;BC013599;BC039180;BC041466;BC043400;BC071809;BC136808;C14orf132;CCAT1;CD27-AS1;CDKN2B-AS1;CROCCP2;CYP1B1-AS1;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;FENDRR;SENCR;FLJ31104;FLJ41941;GNG12-AS1;HHIP-AS1;HAGLR;HOXD-AS2;Ig_alpha_1-[alpha]2m;LINC00092;LINC00265;LINC00704;LINC00908;LINC00940;LINC00957;LOC100128338;LOC100128881;LOC100129195;LOC100505549;LOC100505715;LOC100506469;LOC100507564;LOC257358;LOC339524;LOC645166;LOC729950;MAFG-AS1;MAGI2-AS3;MBNL1-AS1;MIR100HG;PGM5-AS1;PTCHD3P1;SDHAP2;SFTA1P;SLX1B-SULT1A4;SNHG12;SNHG17;SNHG7;SOCS2-AS1;SPNS1;TINCR;TP53TG1;ZNF667-AS1;ZNF790-AS1;BZRAP1-AS1;C21orf88;LOC400043;MFI2-AS1 67 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_IIIA(9)VSRectum_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(10) 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A1BG-AS1;AF161442;AF279775;AF279780;AGAP2-AS1;AK000470;AK021563;AK022382;AK022914;AK023515;AK024248;AK024736;AK025061;AK054623;AK054708;AK055712;AK056625;AK056780;AK056897;AK091265;AK091996;AK094343;AK094577;AK096932;AK097193;AK097803;AK123758;AK125463;AK125532;AK125727;AK125860;AK127120;AK127380;AK128697;AK128833;AK130911;AK296065;AK302511;AK307192;AK310751;AL110181;AL117485;AL137655;AL832593;AL832737;AL832797;ARL6IP4;ASB16-AS1;ASMTL-AS1;AX746596;AX746683;AX746750;AX746995;AX747182;AX747413;AX747440;AX747598;AX747750;AX747770;AX748125;AX748330;AY343891;AY660578;AY769439;BC007399;BC013599;BC013821;BC015688;BC015977;BC017578;BC021693;BC023568;BC025370;BC028204;BC030750;BC031657;BC032407;BC032716;BC032899;BC032911;BC033124;BC033528;BC035080;BC035106;BC035377;BC035889;BC036500;BC037833;BC038201;BC038210;BC038211;BC038245;BC038570;BC039382;BC039681;BC041466;BC042048;BC042098;BC042825;BC043400;BC043554;BC043601;BC044939;BC045731;BC051808;BC062769;BC068609;BC069792;BC069815;BC070228;BC071802;BC071809;BC082979;BC094703;BC132948;BC136808;BX248273;BX538254;BX648855;C11orf92;C14orf132;C1QTNF9B-AS1;C1RL-AS1;LINC01006;CCAT1;CCBP2;CDKN2B-AS1;CHKB-AS1;CR627135;CRNDE;CYP1B1-AS1;DDX11-AS1;DHRS4-AS1;DJ031130;DLEU2;DLEU7-AS1;DQ515899;DQ599872;DQ658414;DQ786258;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;EDC4;Em:AC008101.5;FAM157A;FAM157B;FENDRR;FEZF1-AS1;FGD5-AS1;SENCR;FLJ00285;FLJ00313;FLJ31104;LINC01184;FLJ41941;FLJ45445;FLJ46906;FTX;GAS5;GJD3;GNG12-AS1;GUSBP11;PWAR6;HCG18;HEXIM2;HHIP-AS1;HLA-F-AS1;HNRNPA1L2;HAGLR;IDS2;Ig_alpha_1-[alpha]2m;IPW;JPX;CCDC183-AS1;LIMS3-LOC440895;LINC00085;LINC00087;LINC00092;LINC00114;LINC00174;LINC00261;LINC00265;LINC00266-1;LINC00346;LINC00460;LINC00514;LINC00525;LINC00526;LINC00638;LINC00641;LINC00659;LINC00665;LINC00667;LINC00675;LINC00704;LINC00857;LINC00858;LINC00880;LINC00894;LINC00896;LINC00908;LINC00909;LINC00922;LINC00938;LINC00940;LINC00941;LOC100127888;LOC100128338;LOC100128822;LOC100128881;LOC100129195;LOC100130238;LOC100131067;LOC100131825;LOC100132062;LOC100133161;LOC100133331;LOC100144602;LOC100288069;LOC100288846;LOC100499227;LOC100505549;LOC100505633;LOC100505715;LOC100505933;LOC100505989;LOC100506083;LOC100506190;LOC100506314;LOC100506469;LOC100506599;LOC100506714;LOC100506795;LOC100506810;LOC100506844;LOC100506990;LOC100507053;LOC100507254;STX18-AS1;LOC100507334;LOC100507501;LOC100507564;LOC100652739;LOC148709;LOC150381;LOC151009;LOC202781;LOC254099;LOC254128;LOC257358;LOC284751;LOC284837;MIF-AS1;LOC285629;LINC01268;LOC286467;LOC339524;LOC339803;LOC388906;LOC389023;LOC389641;LOC389906;LOC399744;LOC401320;LOC440894;LOC440925;LOC541471;LOC550643;LOC554249;LOC643837;MNX1-AS1;LOC729950;LOC731275;MAFG-AS1;MAGI2-AS3;MATN1-AS1;MBNL1-AS1;MCM3AP-AS1;MDP1;MGC20647;MGC32805;MIR100HG;MIR17HG;MIR22HG;MIR503HG;MIRLET7BHG;HAND2-AS1;NDUFB2-AS1;NR2F1-AS1;NUTM2A-AS1;OIP5-AS1;PARD6G-AS1;PCBP1-AS1;PDXDC2P;PGM5-AS1;PRKAG2-AS1;PRR7-AS1;PTCHD3P1;PVT1;RBM26-AS1;RHPN1-AS1;SAP25;SEC16B;SERTAD4-AS1;SFTA1P;SLC26A4-AS1;SLC2A1-AS1;SLX1B-SULT1A4;SNHG1;SNHG11;SNHG12;SNHG15;SNHG16;SNHG17;SNHG3;SNHG7;SNHG8;SNORA71B;SNURF-SNRPN;SOCS2-AS1;SPNS1;SPTY2D1-AS1;ST7-OT4;TBC1D3P1-DHX40P1;TERC;TINCR;TMEM191A;TMEM191C;TMEM51-AS1;TOPORS-AS1;TP73-AS1;TPT1-AS1;TRPM2;UBAC2-AS1;UCA1;USP3-AS1;VAC14-AS1;ZFAS1;ZNF252P-AS1;ZNF503-AS2;ZNF582-AS1;ZNF667-AS1;ZNF790-AS1;BZRAP1-AS1;C14orf64;C15orf37;C17orf76-AS1;C1orf180;C20orf166-AS1;C21orf88;C6orf123;LINC00152;LINC00936;LOC100133985;LOC400043;MFI2-AS1;MLLT4-AS1 356 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_IIIC(15)VSRectum_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(10) 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169 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_IV(17)VSRectum_adenocarcinoma_Stage_IVA(9) FLJ00285;MAPKAPK5-AS1 2 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_IV(17)VSRectum_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(10) 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373 Cancer_Phenotype Malignant_neoplasm_of_colon_with_rectum Rectum_adenocarcinoma_Stage_IVA(9)VSRectum_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(10) AK091265;AK094343;AK125727;BC041466;BC073817;BC136808;CDKN2B-AS1;CRNDE;DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11;Em:AC008101.5;FLJ31104;GNG12-AS1;HNRNPA1L2;HAGLR;Ig_alpha_1-[alpha]2m;LINC00092;LINC00265;LINC00346;LINC00482;LINC00675;LINC00908;LINC00920;LINC00940;LOC100128338;LOC100128881;LOC100505549;LOC100505633;LOC100507053;LOC389906;LOC401397;LOC440894;LOC541471;MAFG-AS1;MGC32805;MIR22HG;NDUFB2-AS1;NUTM2A-AS1;PCBP1-AS1;PGM5-AS1;PVT1;SNHG11;SNHG15;SNHG16;SNHG17;SNHG6;SOCS2-AS1;TINCR;ZFAS1;C21orf88;LINC00152 50 Cancer_Phenotype Mesothelioma Mesothelioma_Stage_III(44)VSMesothelioma_Stage_I(7) BC034319;BC038201;IDS2;LOC100505636 4 Cancer_Phenotype Ovarian_Serous_Adenocarcinoma Ovarian_serous_cystadenocarcinoma(262)VSOvarian_serous_cystadenocarcinoma_Recurrent(4) 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268 Cancer_Phenotype Pancreatic_carcinoma Pancreatic_adenocarcinoma_Stage_IIB(114)VSPancreatic_adenocarcinoma_Stage_IIB_(adjacent_normal)(3) 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180 Cancer_Phenotype Pancreatic_carcinoma Pancreatic_adenocarcinoma_Stage_IIB(114)VSPancreatic_adenocarcinoma_Stage_IA(5) ADORA2A-AS1;AK055055;AK056246;AK093363;AK097759;AK127888;AK128202;APCDD1L-AS1;AX747992;AY343902;BC009730;BC015590;BC015784;BC021693;BC029534;BC029877;BC038218;BC038530;BC039386;BC040189;BC040327;BC040865;BC043254;BC043373;BC043529;BC046191;BC062328;CDKN2B-AS1;DLEU2;DLX6-AS1;ENTPD1-AS1;FMR1-AS1;GHRLOS;GUSBP4;IGF2-AS;KCNK4;LHFPL3-AS1;LIMS3-LOC440895;LINC00238;LINC00479;LINC00652;LINC00704;LINC00839;LINC00595;LINC00900;LOC100133161;LOC100505702;LOC100506895;LOC113386;LOC253044;LOC284632;LOC285972;LOC339524;LOC339803;LOC348761;LOC643837;LOC648987;MEG3;MGC15885;MIR205HG;TCL6;TTTY1B;ZBED3-AS1;ZNF503-AS2;LINC00152 65 Cancer_Phenotype Pancreatic_carcinoma Pancreatic_adenocarcinoma_Stage_IIB(114)VSPancreatic_adenocarcinoma_Stage_IB(13) 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221 Cancer_Phenotype Pancreatic_carcinoma Pancreatic_adenocarcinoma_Stage_IIB(114)VSPancreatic_adenocarcinoma_Stage_IV(3) 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992 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_Chromophobe_Stage_II(25)VSKidney_Chromophobe_Stage_IV(6) LINC00919 1 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_papillary_cell_carcinoma_Stage_IV(14)VSKidney_renal_papillary_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(32) 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357 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_papillary_cell_carcinoma_Stage_III(49)VSKidney_renal_papillary_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(32) 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114 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_IV(81)VSKidney_renal_clear_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(72) 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1312 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_III(126)VSKidney_renal_clear_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(72) 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1417 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_I(265)VSKidney_renal_clear_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(72) 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1506 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_I(265)VSKidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_IV(81) 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291 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_I(265)VSKidney_renal_clear_cell_carcinoma_Stage_III(126) 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1073 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_papillary_cell_carcinoma_Stage_II(21)VSKidney_renal_papillary_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(32) 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486 Cancer_Phenotype Renal_Cell_Carcinoma Kidney_renal_papillary_cell_carcinoma_Stage_II(21)VSKidney_renal_papillary_cell_carcinoma_Stage_I(168) AK057379;AK093403;BC033997;BC041459;DLX6-AS1;FAM138B;FAM138F;LINC00479;LINC00599;LINC00924;LINC00939;LINC00957;LOC284412;LOC401463;MEG3 15 Cancer_Phenotype Sarcoma Human_skeletal_muscle_control(3)VSHuman_alveolar_soft_part_sarcoma(5) 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574 Cancer_Phenotype Squamous_cell_carcinoma_of_the_head_and_neck Head_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_III(76)VSHead_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(43) 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765 Cancer_Phenotype Squamous_cell_carcinoma_of_the_head_and_neck Head_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_III(76)VSHead_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_IVB(12) AF143871;AL832737 2 Cancer_Phenotype Squamous_cell_carcinoma_of_the_head_and_neck Head_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_IVA(253)VSHead_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(43) 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139 Cancer_Phenotype Squamous_cell_carcinoma_of_the_head_and_neck Head_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_II(75)VSHead_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(43) 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746 Cancer_Phenotype Squamous_cell_carcinoma_of_the_head_and_neck Head_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_I(27)VSHead_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(43) 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344 Cancer_Phenotype Squamous_cell_carcinoma_of_the_head_and_neck Head_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_Stage_IVB(12)VSHead_and_Neck_squamous_cell_carcinoma_(adjacent_normal)(43) 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585 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_II(28)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_I(3) AJ606316;AK001582;AK055459;AK057379;AK093519;AK094342;AK096335;AK123826;AK123947;AK125001;AK126266;AK128707;AK298300;AK311445;AL833634;AX747163;AY343891;AY387666;BC016751;BC022431;BC034319;BC040909;BC045735;BC062769;BC073932;BC089451;BC132841;BC136808;BDNF-AS;BX248253;BX640700;BX647249;CR627148;DIO3AS;DIO3OS;DJ031154;DQ592230;ERVK13-1;FAM66C;SENCR;HAR1B;IL21R-AS1;INHBA-AS1;LINC00092;LINC00327;CASC15;LINC00467;LINC00475;LINC00882;LINC00954;LMF1;LOC100506035;LOC100506834;LOC100506990;LOC375295;LOC541472;LOC648987;MEG3;MGC16275;MIR100HG;HAND2-AS1;NUTM2A-AS1;OSER1-AS1;PART1;PCOLCE-AS1;PGM5-AS1;RFPL1S;RPL34-AS1;SLX1B-SULT1A4;SNURF-SNRPN;ZFHX4-AS1;ZNF582-AS1;C1orf200 73 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_II(28)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IA(14) 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321 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIA(36)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_I(3) A1BG;AF143871;AJ606316;AK025793;AK056196;AK057187;AK057519;AK093519;AK094342;AK096314;AK096329;AK096995;AK097119;AK098705;AK123300;AK123826;AK123947;AK124194;AK125001;AK126266;AK126852;AK128707;AK298300;AK311445;AL050132;AX746787;AX747163;AX748015;AY343891;AY387666;BC015159;BC015784;BC016751;BC024173;BC033554;BC034319;BC038465;BC039537;BC040304;BC040327;BC040909;BC042024;BC043243;BC043519;BC045668;BC045735;BC062769;BC071802;BC073932;BC089451;BC132841;BC136808;BDNF-AS;BOLA3-AS1;BX161428;BX248253;BX537909;BX640700;BX647249;COL18A1-AS1;CR627148;DIO3AS;DIO3OS;DJ031154;ERVK13-1;FAM66C;FLJ46906;PWAR6;HCG18;IL21R-AS1;INHBA-AS1;IPW;ITGB2-AS1;ITPK1-AS1;LINC00092;LINC00158;LINC00327;LINC00467;TUNAR;LINC00632;LINC00839;LINC00882;LINC00885;LINC00887;LINC00890;LINC00900;LINC00908;LINC00937;LINC00954;LMF1;LOC100128176;LOC100129858;LOC100132215;LOC100506035;LOC100506655;LOC100506804;LOC100506990;LOC283856;LOC541472;LOC648987;LOC654433;MBNL1-AS1;MEG3;MGC45800;MIR100HG;OSER1-AS1;RAD21-AS1;RFPL1S;SACS-AS1;SLC26A4-AS1;SLX1B-SULT1A4;SNURF-SNRPN;ZFHX4-AS1;ZNF582-AS1;C1orf200;C3orf65;C9orf53 117 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIA(36)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IA(14) LINC00900;LOC100506585;LOC283731;LOC339524;MIR100HG;NR2F1-AS1 6 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIA(36)VSStomach_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(35) 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474 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIB(55)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_I(3) 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740 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_III(4)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IIA(36) AF086258;AF161365;AK055570;AK056252;AK093443;BC040909;BC045735;BC072410;CDKN2B-AS1;FAM95B1;HCG9;LINC00085;LINC00313;LINC00629;LOC100129858;LOC100130264;LOC100505624;LOC643355;SNORA71B;C9orf53;MLK7-AS1 21 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_III(4)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IV(43) AK001351;AK056228;AK097161;AK127270;AX747250;BC015383;BC016366;BC034927;BC035380;BC040909;BC041441;BC041998;BC042472;BC043587;BC045735;BC072410;BC144418;BDNF-AS;BMS1P4;C9orf106;CASC2;CDIPT-AS1;COL18A1-AS1;DQ141194;HCG9;hCG_2032978;LINC00085;LINC00313;CASC15;LINC00460;LINC00518;LINC00592;LINC00605;LINC00629;LINC00864;LINC00940;LOC100129858;LOC100130264;LOC100422737;LOC100505624;LOC100505702;LOC100507254;LOC100508120;LOC283332;LOC643355;LOC654433;LOXL1-AS1;MEG3;NPSR1-AS1;RBFADN;SNORA71B;SNURF-SNRPN;USP32P2;ZBED3-AS1;ZNF833P;C8orf56;LINC00883;MLK7-AS1 58 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_III(4)VSStomach_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(35) AF161365;AK054726;AK123758;AK125686;AX747163;AX747250;AX747383;AX747935;BC015383;BC036196;BC045735;BC072410;BMS1P4;BX538226;DKFZP434H168;DPH6-AS1;FAM138B;FAM95B1;GPR158-AS1;HCG9;LINC00085;LINC00473;LINC00629;LINC00689;LINC00900;LINC00940;LIPE-AS1;LOC100129858;LOC100507254;LOC100508120;LOC255167;LOC389023;LOC389906;LOC399829;LOC643355;LOC643837;LOC654433;NR2F1-AS1;SNHG12;SNURF-SNRPN;RNF217-AS1;TPTEP1;C17orf76-AS1;FLJ42875;LINC00883 45 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIA(78)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_I(3) A1BG;AATK-AS1;ADARB2-AS1;AF143871;AF279780;AGAP11;AJ606316;AK001582;AK002090;AK023033;AK024242;AK025061;AK025793;AK054749;AK055254;AK055364;AK055459;AK055712;AK055803;AK055932;AK056196;AK056211;AK056228;AK056431;AK057187;AK057379;AK057455;AK057519;AK057719;AK090681;AK092619;AK093403;AK093519;AK093892;AK094325;AK094342;AK094352;AK094462;AK095132;AK096314;AK096329;AK096335;AK096995;AK097119;AK097190;AK097242;AK097351;AK097500;AK097590;AK097921;AK097952;AK098705;AK123300;AK123826;AK123947;AK124179;AK124194;AK124682;AK125001;AK125311;AK125858;AK126266;AK126852;AK127048;AK127191;AK127888;AK128707;AK128880;AK129567;AK295617;AK298300;AK308605;AK309476;AK311212;AK311445;AL050132;AL833634;AX746567;AX746605;AX746787;AX746839;AX747163;AX747945;AX748015;AY343891;AY343892;AY387666;BC009730;BC014575;BC015159;BC016656;BC016751;BC020343;BC021741;BC022431;BC022568;BC023201;BC023568;BC024173;BC030111;BC031092;BC031239;BC033260;BC033554;BC034319;BC034940;BC035084;BC035172;BC036196;BC036236;BC036297;BC036404;BC036441;BC037254;BC037497;BC037891;BC038465;BC038746;BC039516;BC039537;BC040304;BC040327;BC040894;BC040909;BC040914;BC041441;BC042024;BC042811;BC043243;BC043519;BC043529;BC043578;BC044609;BC044741;BC045668;BC045735;BC048201;BC048982;BC062769;BC065754;BC069792;BC071802;BC072410;BC073932;BC078172;BC089451;BC105019;BC110060;BC132841;BC136808;BC142949;BCDIN3D-AS1;BMS1P4;BOLA3-AS1;BVES-AS1;BX161428;BX247990;BX248253;BX537909;BX640700;BX647249;C9orf106;CACNA2D3-AS1;CD27-AS1;CELF2-AS2;CLLU1;COL18A1-AS1;CR627148;CR627240;CR936711;CSTF3-AS1;DIO3AS;DIO3OS;DJ031154;DKFZP434L187;DLEU2;DQ372722;DQ592230;ENTPD3-AS1;ERVK13-1;EU233817;FAM138B;FAM138F;FAM157B;FAM225A;FAM66C;FER1L6-AS1;FGF13-AS1;FGF14-IT1;SENCR;FLJ00285;FLJ35024;FLJ40194;LINC-PINT;FLJ46906;FLVCR1-AS1;FOXN3-AS2;GATA3-AS1;GUSBP11;HAPLN4;HAR1B;PWAR6;HGC6.3;IL21R-AS1;INHBA-AS1;IPW;ITGB2-AS1;ITPK1-AS1;JAZF1-AS1;KC6;KCNQ1DN;LIMS3-LOC440895;LINC00051;LINC00092;LINC00158;LINC00161;LINC00189;LINC00269;LINC00314;LINC00327;CASC15;LINC00467;LINC00469;LINC00470;LINC00475;LINC00514;LINC00592;LINC00593;LINC00595;LINC00607;TUNAR;LINC00648;LINC00670;LINC00689;LINC00704;LINC00705;LINC00839;LINC00861;LINC00882;LINC00885;LINC00887;LINC00890;LINC00896;LINC00900;LINC00908;LINC00930;LINC00937;LINC00951;LINC00954;LIPE-AS1;LMF1;LOC100049716;LOC100126784;LOC100128164;LOC100128176;LOC100128398;LOC100128505;LOC100128946;LOC100129027;LOC100129858;LOC100131067;LOC100131825;LOC100132215;LOC100144595;LOC100192426;LOC100288079;LOC100289650;LOC100499227;LOC100499484-C9ORF174;LOC100505474;PCAT19;LOC100505622;LOC100505768;LOC100505989;LOC100506035;LOC100506178;LOC100506655;LOC100506804;LOC100506834;LOC100506990;LOC100507244;LOC145837;LOC150568;LOC151171;LOC158435;LOC200772;LOC221122;LOC255167;LOC283587;LOC283856;LINC01114;LOC285484;LOC285593;LOC285626;LOC285972;LOC286184;LOC286189;LOC338963;LOC339524;LOC339529;LOC340515;LOC400794;LOC401164;LOC440894;LOC541472;LOC643837;LOC644554;LOC645434;LOC648987;LOC92249;LY86-AS1;MBNL1-AS1;MEG3;MEG8;MGC39545;MGC45800;MIR100HG;MIRLET7BHG;MRGPRG-AS1;MRPL23-AS1;HAND2-AS1;NPHP3-AS1;NPSR1-AS1;NR2F1-AS1;NUTM2A-AS1;OSER1-AS1;OTX2-AS1;PART1;PCBP1-AS1;PCOLCE-AS1;PGM5-AS1;PTPRG-AS1;RAMP2-AS1;RASSF8-AS1;RFPL1S;RMST;RPL34-AS1;SACS-AS1;SHANK2-AS1;SLC26A4-AS1;SLX1B-SULT1A4;SNURF-SNRPN;SOX2-OT;SRD5A3-AS1;ST7-AS2;ST8SIA6-AS1;TMEM254-AS1;TP53TG1;TPTEP1;TRIM72;TRPC5OS;TSIX;TSTD3;TTC28-AS1;TTTY10;U80770;WDFY3-AS2;WT1-AS;ZFHX4-AS1;ZNF582-AS1;ZNF790-AS1;C17orf76-AS1;C1orf200;C20orf166-AS1;C21orf49;C21orf90;C3orf65;C9orf53;CECR5-AS1;FLJ33360;HGC6.1.1;LINC00883;LOC285696;LOC643401;MLK7-AS1 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153 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIA(78)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IV(43) LOC100133612 1 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIA(78)VSStomach_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(35) 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312 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIB(57)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IA(14) ADPGK-AS1;AJ606316;AJ606331;AK022898;AK056689;AK096329;AK096335;AK097190;AK097500;AK097952;AK123934;AK124194;AK125001;AK126307;AX747163;AX747750;AX747798;AX747968;BC040327;BC040631;BC040914;BC041466;BC045668;BC089451;BX247990;C14orf132;CLLU1;DJ031154;H19;HHIP-AS1;LHFPL3-AS2;LINC00158;CASC15;LINC00426;LINC00494;LINC00520;LINC00890;LINC00900;LOC100128239;LOC100132891;LOC100506585;LOC100507156;LOC283731;LOC283856;LOC285972;LOC286189;LOC339524;LOC375295;LOC401463;LOC644554;LOC654433;MAGI2-AS3;MBNL1-AS1;MGC45800;MIR100HG;HAND2-AS1;NR2F1-AS1;PCED1B-AS1;PRKG1-AS1;RASSF8-AS1;RFPL1S;SNURF-SNRPN;SNX29P2;ZFAT-AS1;ZFHX4-AS1;C14orf64;C1orf200;FLJ27354 68 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIB(57)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_II(28) LOC100288123;LOC646626 2 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma 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181 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIC(39)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_IA(14) AJ606316;AK096335;AK124194;AK126307;AK310751;AX747750;AX747968;BC041466;HHIP-AS1;LHFPL3-AS2;CASC15;LINC00473;LINC00900;LOC100132062;LOC100132891;LOC100506585;LOC283731;LOC339524;LOC644554;MAGI2-AS3;MIR100HG;NR2F1-AS1;PRKG1-AS1;RASSF8-AS1;FLJ27354 25 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIC(39)VSStomach_adenocarcinoma_Stage_III(4) AF086154;AF161365;AK055570;AK056252;AK093443;AX747163;BC040909;BC072410;C9orf106;COL18A1-AS1;DQ141194;DQ372722;DYX1C1-CCPG1;FAM95B1;LINC00085;CASC15;LINC00473;LINC00475;LINC00862;LINC00939;LOC100129858;LOC100130264;LOC100133161;LOC100505624;LOC100508120;LOC286189;LOC574538;LOC643355;LOC729177;LOC92249;LOXL1-AS1;NR2F1-AS1;SNURF-SNRPN;ZBED3-AS1;ZNF833P;C21orf49;C9orf53;MLK7-AS1 38 Cancer_Phenotype Stomach_Carcinoma Stomach_adenocarcinoma_Stage_IIIC(39)VSStomach_adenocarcinoma_(adjacent_normal)(35) 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1135 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_III(112)VSThyroid_carcinoma_Metastatic_Stage_I(5) 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135 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_I(283)VSThyroid_carcinoma_(adjacent_normal)(59) 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804 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_II(53)VSThyroid_carcinoma_Stage_III(112) AF086258;AK056982;AK094280;AK300656;AL832797;AX748380;BC015159;BC035106;BC037972;BC038201;BC039545;BC045769;BC062328;BC062769;CDKN2B-AS1;DIO3AS;DIO3OS;EGOT;FAM83A-AS1;FLJ35024;FLJ36777;GUSBP11;ITGB2-AS1;ABHD11-AS1;LINC00460;LINC00607;LINC00673;LINC00922;LOC100128554;LOC100507564;LOC100507600;LOC100507632;LOC152225;LOC158376;LOC257396;LOC286442;LOC400794;LOC401052;LOC402160;LOH12CR2;MAPKAPK5-AS1;MEG3;MIR155HG;NR2F1-AS1;RASSF8-AS1;SOCS2-AS1;TINCR;WWTR1-AS1;ZBED3-AS1;C14orf64;FLJ42875 51 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_II(53)VSThyroid_carcinoma_Stage_I(283) 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1092 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_IVA(46)VSThyroid_carcinoma_Stage_I(283) A2M-AS1;AATK-AS1;AK022993;AK023515;AK025975;AK054749;AK056211;AK093256;AK094343;AK094915;AK095633;AK096335;AK097453;AK097571;AK097624;AK124308;AK126616;ATP1A1-AS1;AX746567;AX746755;AX747250;AY660578;AY769439;BC002534;BC016831;BC021693;BC030753;BC035377;BC037540;BC038464;BC038546;BC038731;BC038791;BC040631;BC040700;BC042649;BC043527;BC043554;BDNF-AS;BX538226;C20orf203;C5orf64;LINC01006;CASC2;DKFZP434L187;DKFZP686I15217;DLG1-AS1;DNAJC27-AS1;DQ372722;FAM170B-AS1;FAM181A-AS1;FLJ31104;FOXD2-AS1;JPX;KCNK4;LEF1-AS1;LINC00092;LINC00167;LINC00652;LINC00595;LINC00880;LINC00927;LINC00930;LINC00940;LOC100128531;LOC100128881;LOC100129046;LOC100130238;LOC100133161;LOC100505835;LOC100505978;LOC100506083;LOC100506343;LOC100506844;LOC100507032;STX18-AS1;LOC100507564;LOC100652999;LOC116437;LOC149134;LOC257396;LOC284798;LOC285441;LOC285484;LOC285740;LOC338963;LOC340073;LOC388882;LOC389332;LOC541467;LOC643723;LOC645434;LOH12CR2;MIMT1;mir-133b;MRGPRG-AS1;MYCNOS;HAND2-AS1;NPPA-AS1;NR2F1-AS1;PAXBP1-AS1;PCBP1-AS1;PRKCQ-AS1;RAPGEF4-AS1;APTR;SERHL;SLC7A11-AS1;SMAD5-AS1;SNHG9;SNURF-SNRPN;SRP14-AS1;TEX40;TMEM161B-AS1;TMEM191C;TPTE2P6;UBAC2-AS1;UNQ6494;WDR11-AS1;WWC2-AS2;ZNF503-AS2;ZNF790-AS1;ZNF833P;C14orf64;C21orf119;FLJ42875 125 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_IVA(46)VSThyroid_carcinoma_Stage_II(53) 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184 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_IVA(46)VSThyroid_carcinoma_Stage_IVC(6) BC041441;BC044609;LOC400456 3 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_IVA(46)VSThyroid_carcinoma_Metastatic_Stage_I(5) AC2;BC048424;BC142949;LAT;LINC00926;LOC253039;LOC283856;LOC643837;LOC730227;LRCH4;NR2F1-AS1;RGMB-AS1;TMEM161B-AS1;C21orf67;LINC00883 15 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_IVC(6)VSThyroid_carcinoma_(adjacent_normal)(59) 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230 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Stage_IVC(6)VSThyroid_carcinoma_Stage_III(112) AF086154;AK024119;AK055055;AK097866;AK123816;AK125001;AK127048;AK302545;AL832447;AL832797;AL833634;AX748345;AY343902;BC002534;BC034636;BC036308;BC036441;BC038465;BC038719;BC039537;BC040412;BC040909;BC041003;BC041441;BC041872;BC043582;BC043587;BC044609;BC045810;BC046497;BC104435;BC131758;BC133670;BCAR4;BCDIN3D-AS1;BDNF-AS;BVES-AS1;CASC2;CCBP2;CDKN2B-AS1;CR627240;DIO3AS;DLX6-AS1;EMX2OS;ESRG;GATA3-AS1;GHRLOS;LINC00028;LINC00261;LINC00271;LINC00470;LINC00477;LINC00494;LINC00520;LINC00521;LINC00639;LINC00691;LINC00861;LINC00885;LINC00907;LINC00923;LINC00944;LOC100131825;LOC100133612;LOC100505768;LOC100506795;LOC283587;LOC284912;LOC285740;LOC285972;LOC388882;LOC400456;LOC644838;MNX1-AS1;LOC654433;LINC01433;MGC39545;mir-133b;MIR137HG;HAND2-AS1;OR51B5;RPL34-AS1;TAPT1-AS1;TMEM254-AS1;TRHDE-AS1;TRPM2;WEE2-AS1;ZNF205-AS1;C17orf76-AS1;LINC00277;LINC00883 91 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma 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236 Cancer_Phenotype Thyroid_carcinoma Thyroid_carcinoma_Metastatic_Stage_I(5)VSThyroid_carcinoma_(adjacent_normal)(59) 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356 Cancer_Phenotype Uveal_melanoma Uveal_melanoma_Stage_IV(4)VSUveal_melanoma_Stage_IIB(27) BC000869;BC071802;LIPE-AS1;CECR5-AS1 4 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_I(90)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_IIIB(29) C14orf64 1 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_IV(22)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_II(3) C17orf76-AS1 1 Cancer_Phenotype Breast_Carcinoma Breast_invasive_carcinoma_Stage_X(14)VSBreast_invasive_carcinoma_Stage_II(3) C17orf76-AS1 1 Cancer_Phenotype Prostate_carcinoma Prostate_Post(7)VSProstate_Pre(7) BMPR1B-AS1 1